Высшая школа экономики учреждена 27 ноября 1992 г. Постановлением Правительства России.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 12 августа 2008 г. ВШЭ перешла в ведение Правительства РФ. До 12 августа 2008 г. ВШЭ находилась в ведении Министерства экономического развития и торговли РФ.
В 1996 году у Высшеи? школы экономики появился первыи? региональныи? кампус в Нижнем Новгороде. В следующем году кампусы Школы открылись в Санкт-Петербурге и Перми.
Решением конкурсной комиссии Министерства образования и науки РФ от 7 октября 2009 года в отношении ВШЭ установлена категория «национальный исследовательский университет».
Постановлением Правительства РФ от 01.02.2016 № 56 изменены устав и официальное наименование Высшей школы экономики (из наименования исключено слово «профессионального»). Полное название звучит так: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики».
Постановлением Правительства РФ от 23 декабря 2010 года № 1109 «О создании федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики»» университет получил новое название и статус автономного образовательного учреждения. До 23 декабря 2010 года университет носил официальное название ГУ-ВШЭ.
30 декабря 2011 года распоряжением Правительства РФ к Высшей школе экономики присоединены Московский государственный институт электроники и математики (МИЭМ) и два учреждения дополнительного профессионального образования — Учебный центр подготовки руководителей и Государственная академия специалистов инвестиционной сферы (ГАСИС).