Марийский государственный университет — один из молодых классических университетов страны, крупный образовательный и научный центр Республики Марий Эл и Приволжского федерального округа.
4 мая 1971 года министр высшего и среднего специального образования РСФСР В.Н. Столетов подписал приказ об организации в Йошкар-Оле университета, призванного восполнить острейший дефицит кадров для интенсивно развивающихся ведущих отраслей народного хозяйства республики: промышленности, строительства и сельского хозяйства.
Инициаторами создания вуза выступили первый секретарь Марийского обкома КПСС В. П. Никонов, председатель Президиума Верховного Совета МАССР П. А. Алмакаев и председателя Совета Министров республики Т. И. Горинов, которые в январе 1970 года обратились в ЦК КПСС и Совет Министров СССР с просьбой о создании первого на марийской земле университета. В декабре 1971 года была утверждена структура МарГУ в составе историко-филологического, биолого-химического, физико-математического, сельскохозяйственного факультетов, подготовительного отделения, 17 кафедр, научно-исследовательского сектора, 40 кабинетов и лабораторий. Обучение планировалось вести по 10 специальностям. Одновременно развернулось строительство учебных корпусов, жилого дома для преподавателей.
В 1985—1998 годы Марийский университет приобрёл основные черты сложившегося классического университета. Руководил университетом доктор химических наук, профессор В. П. Ившин.
В 1990 году была открыта аспирантура для подготовки научных и педагогических кадров. В 1993 году в университете проходило обучение по 18 специальностям, в 1998 году — по 37.
В 1992 году открыта докторантура по трём специальностям.
За период с 1994 по 1998 год объём финансирования научно-исследовательской деятельности возрос более чем в 10 раз.
Период 1998—2007 годов характеризовался устойчивым развитием сформировавшихся традиций классического университетского образования и связан с деятельностью ректора университета профессора В. И. Макарова.
С 2008 года в состав университета вошёл образованный в 1931 году Марийский государственный педагогический институт имени Н. К. Крупской. С 2010 года на базе университета функционирует Марийский аграрный колледж. Университет ведёт подготовку в пяти институтах и на десяти факультетах.
В апреле 2017 года университет стал одним из региональных опорных университетов.
В 2020 году в МарГУ был открыт Институт цифровых технологий.